El Parque Natural de la Bahía de Cádiz se sitúa en el área atlántica de la provincia . El 50% de la superficie del municipio de San Fernando pertenece al Parque. Este Parque es un espacio protegido con una singular situación geográfica y socioeconómica, que lo hace diferente al resto de los Parques Naturales declarados en nuestra provincia y posiblemente en Andalucía. La histórica ocupación de este espacio para usos relacionados con la actividad salinera, junto con la acción del mar, el viento y los sedimentos fluviales depositados durante siglos sobre el estuario en el que se asienta, han producido unas peculiares formas paisajísticas tanto en el interior del área como en las zonas limítrofes del Parque. Este paisaje lo conforman fundamentalmente playas, planicies fangosas y marismas.
Fue declarado Parque Natural en el año 1989, Zona de Especial Protección para las Aves (ZEPA) en 1993 y Humedal de Importancia Internacional (RAMSAR) en 2002. Se pueden distinguir tres ámbitos bien diferenciados: la zona marítima, que se extiende desde la Punta de la Morena hasta la Punta del Sur; la zona de marismas salineras, desecadas y naturales; y la zona terrestre, que se identifica con la bahía urbanizada.
El Parque Natural de la Bahía de Cádiz posee lagunas, complejos endorreicos, dunas y pinares declarados Reservas Naturales o Zonas de Especial Protección . Las Marismas de Sancti-Petri y las de la Isla del Trocadero son tres ejemplos de Parajes Naturales ya que son las únicas marismas naturales que se conservan prácticamente intactas, junto con las Marismas de los Toruños . Su situación entre el vecino Parque Nacional de Doñana y el Estrecho de Gibraltar lo convierte también en una pieza clave del sistema migratorio de multitud de aves acuáticas .
La flora del Parque Natural de la Bahía de Cádiz está adaptada a las condiciones ambientales que se dan en esta área, es decir, es una vegetación adaptada al sustrato salino, a la inundación de las mareas y a un suelo arenoso. Además, el papel que aquí juega es fundamental, ya que actúa fijando el sedimento en el suelo e impidiendo en gran parte la erosión.
En las planicies fangosas, y sometidas a los procesos diarios de subida y bajada de mareas, aparecen gran multitud de algas. A continuación la vegetación característica está compuesta de especies resistentes a la fuerte salinidad ( vegetación halófila ). Encontramos también especies como los almajos salados, la sapina o el barrón. En áreas interiores, donde hay agua dulce, aparecen carrizos, espadañas y castañuelas.
Entre las formaciones arbóreas destacan los bosques de pino piñonero , propio de climas mediterráneos y muy resistentes a la sequía y el calor. Están acompañados de sotobosque variado y característico de zonas arenosas. El más importante es el pinar-sabinar de La Algaida en Puerto Real, asentado sobre un antiguo sistema dunar correspondiente a la flecha de los Toruños.
También se localiza otro pequeño pinar en buen estado de conservación asentado sobre una isla arenosa incluida en el Paraje Natural de las Marismas de Sancti-Petri y próximo al arsenal de la Carraca en San Fernando, una pradera singular de Zostera marina.
Las características de este espacio marismeño suponen un atractivo para numerosas especies marinas. Son objeto del marisqueo muchas especies utilizadas como cebo, tales como gusana de sangre, gusana de canutillo, miñoca o muergo y otros con fines gastronómicos como los camarones, cangrejos, cañaillas, cigalitas, erizos de mar, etc..
En cuanto a los peces, las marismas suponen una recuperación de los recursos pesqueros fundamental. Abundan las doradas, mojarras, agujas y boquerones. También encontramos especies que se basan en la explotación tradicional de los esteros: róbalo, baila y lenguado.
La avifauna en la Bahía de Cádiz representa una de las principales bazas en cuanto al reino animal, ya que esta área es una de las más importantes de Europa para las aves costeras, principalmente por su papel de zona de invernada para las especies migratorias . Además, este Parque se encuentra muy cercano a los enclaves de Doñana y el Estrecho de Gibraltar.
Existe un gran número de aves que nidifican en la Bahía: Gaviotas, Avocetas, Chorlitejo, Charrancitos o Cigueñelas. El grueso de la fauna avícola está representada por las aves migratorias, que se desplazan en otoño y primavera entre las zonas frías del norte y las cálidas del sur: Archibebes, Correlimos, Garzas, Alcatraz, Cormorán, Ánades, Flamencos... En las masas forestales se distinguen Mirlos, Petirrojos, Mochuelos o Cernícalos, entre otros.
En cuanto a otros animales, destacamos el camaleón, lagarto ocelado, culebra bastarda, sapo, ratón de campo, conejo y nutria.